办公室。负责机关日常运转工作，承担文电、会务、机要、档案以及信息、安全、保密、信访、政务公开、新闻宣传等工作；研究建立民族、宗教方面突发事件的预警、应急机制，并组织、督促落实；承担涉及民族关系、宗教关系和谐稳定等方面的舆情分析和研判工作；负责机关和所属单位的党群工作；承担机关和所属单位的财务、国有资产管理等工作；负责离退休干部工作；承担机关和所属单位人事管理、机构编制和队伍建设等工作；负责民族宗教志和年鉴整理、编纂工作。

民族科（清真食品管理办公室）。组织拟订民族地方性法规、规章草案和政策、措施；组织民族法律、法规、政策贯彻落实、宣传教育和贯彻执行情况监督检查工作；会同有关部门做好民族团结和少数民族权益保障工作，依法协调处理涉及民族因素的矛盾纠纷；指导涉及尊重少数民族风俗习惯相关工作；做好城市民族工作和少数民族流动人口服务管理工作；负责民族成份管理工作；承担民族团结进步创建和表彰有关工作；贯彻执行有关清真食品管理法规和政策；负责清真食品生产和经营市场监督管理工作；指导全市规范清真食品经营管理秩序工作；会同有关部门依法处理涉及清真食品方面的问题；负责全市少数民族社会事业发展方面法规、政策落实工作；协调或配合有关部门做好全市少数民族文化、教育、科技、卫生、体育等社会事业发展具体工作；负责民族文化交流与合作；承担全市重大民族文化、体育活动的具体事务；配合办理扶持民族教育有关事项；承担少数民族古籍搜集、整理、出版工作；负责全市有关民族方面法规、政策落实工作；负责开展民族聚居地经济发展统计分析和统计监测的有关工作；参与协调民族聚居地方对口支援和扶贫、民族方向乡村振兴资金管理分配以及民族特需商品定点生产等工作；负责全市涉疆服务管理工作的形势分析、政策研究、协调指导，推动市委、市政府涉疆服务管理决策部署的贯彻落实；维护在驻马店市新疆少数民族群众合法权益，促进各民族交往交流交融。

宗教科（政策法规科）。负责全市佛教、道教、伊斯兰教、基督教、天主教和五大宗教以外的其他宗教事务管理工作，负责协调处理相关的矛盾纠纷；负责联系、培养相关宗教界人士，指导相关宗教团体依法依章开展工作、加强自身建设、开展对外以及对港、澳、台地区的宗教交往活动；依法治理宗教领域突出问题，指导基层宗教事务部门依法对相关宗教事务进行管理，负责防范和处理利用相关宗教进行非法、违法活动；配合有关部门做好防范和处理邪教工作。组织协调伊斯兰教朝觐事务，贯彻落实相关法规、政策；承担全市宗教方面外事归口管理工作。组织拟订宗教地方性法规、规章、草案和政策、措施；承担机关行政复议和行政应诉等工作；负责机关有关规范性文件和行政审批事项的合法性审查；组织宗教法律、法规、政策宣传教育和贯彻落实；组织宗教基础信息数据库变更和宗教活动场所统一社会信用代码赋码工作。