首先，按规定，国家机关和事业单位工作人员被羁押期间停发工资。除此之外，对于其他员工，涉嫌犯罪被有关机关收容审查、拘留或逮捕的，公司在员工被限制人身自由期间内，可以暂停继续履行劳动合同，其中包括按时发放工资。
其次，员工被停发工资之后，后又被宣判无罪的根据不同对象处理如下：
1、国家机关和事业单位工作人员
(1)未被劳动教养或治安拘留，单位也未给予行政纪律处分的，由原单位补发其被羁押期间的工资、奖金、津贴、补贴；
(2)未被劳动教养或治安拘留，单位给予行政纪律处分的，其被羁押期间的工资按照被取保候审和监视居住的工资处理办法执行；
(3)被劳动教养、治安拘留的，被羁押期间减发和扣发的工资、奖金、津贴、补贴不予补发。法院免予追究刑事责任的，被羁押期间减发和扣发的工资、奖金、津贴、补贴也不予补发。
2、其他员工
员工经证明被错误限制人身自由的，被暂停履行劳动合同期间给员工造成的损失，可以要求有关机关赔偿。