根据编办和三定方案工作安排，驻马店审计局主要部门有办公室、法规科、计划管理督察科、秘书科、政策跟踪科、财政一科、财政二科、行政事业一科、行政事业二科、农业农村科、投资一科、投资二科、经贸与外资运用科、社会保障科、经济责任审计科、机关党委16个科室。