（一）拟订审计规章制度并监督执行；办理审计规章的备案审查；协调、监督全市各县区审计机关的业务工作。
　　（二）向市政府报告或向市政府有关部门通报审计情况，拟订有关规范性文件、完善宏观调控措施的建议。
　　（三）依据《中华人民共和国审计法》的规定，直接进行下列审计：
　　1. 市级财政预算执行情况和其他财政收支情况；
　　2. 市级各部门、事业单位及其下属单位的财务收支情况；
　　3. 县区政府预算的执行和决算情况；
4. 市级直接管理的地方金融机构的财务收支、资产、负债和损益状况；
　　5. 市政府各部门管理的和受市政府委托由社会团体管理的社会保障基金、环境保护资金、社会捐赠资金及其他有关基金、资金的财务收支情况；
　　6. 国际组织和外国政府援助、贷款项目的财务收支情况；
　　7. 其他法律、法规规定应由市审计局进行的审计。
　　（四）向市政府领导提交市级预算执行情况的审计结果报告；受市政府委托向市人大常委会提出市级预算执行情况和其他财政收支审计工作报告。
　　（五）组织实施对贯彻执行国家财经方针、政策和宏观调控措施情况的行业审计、专项审计和审计调查；组织县区审计机关对党政领导干部、市管国有企业及国有控股企业领导人员进行任期经济责任审计；依法受理被审计单位对审计机关审计决定的复议申请。
　　（六）与县区政府共同领导县区审计机关，协同办理县区审计机关负责人的任免事项。
　　（七）对市管国有重点大中型企业和国家重点建设项目进行审计监督；根据有关规定，组织对其他国有企业和国家建设项目的审计监督。
　　（八）指导、监督内部审计工作；监督社会审计组织的审计业务质量；组织审计专业培训。
　　（九）承办市政府交办的其他事项。

    （一）办公室
　　处理机关日常工作。负责有关文件的起草、重要会议的组织以及文秘、档案、保密、信访、财务、计划生育、安全保卫、后勤服务等工作；负责机关人事、机构编制、劳资和离休退休人员的管理与服务工作；组织和指导全市审计系统的业务培训和精神文明建设；协同有关部门办理县区审计机关负责人的任免事项。
　　（二）经济责任审计室（挂驻马店市经济责任审计局牌子）
　　负责市经济责任审计工作领导小组的日常工作。具体负责拟订全市经济责任审计工作制度，检查指导全市经济责任审计工作，总结经济责任审计工作经验；负责对市、县（区）处级党政领导干部进行经济责任审计；负责对国有及国有控股企业领导人进行经济责任审计。
　　（三）法制综合科
　　编制审计工作规划，安排年度审计项目；负责统计、信息、宣传工作；草拟综合性文件和全市审计规范性文件；研究财政经济方面的法规和政策，提出有关建议；对全市审计机关和社会审计组织的审计业务质量进行监督检查；办理审计规范性文件、制度的备案审查；审核与复核局机关的审计报告、审计意见书和审计决定；受理审计行政复议和应诉；组织实施审计普法教育。
　　（四）财政金融审计科
　　拟订市级预算执行情况的审计实施方案，汇总审计结果；负责审计市级预算执行情况、市地方税务系统税收征管情况、市级国库办理市级预算资金的收纳拨付情况、县区政府预算执行情况和决算；负责审计市财政局、市地方税务局等部门及其下属单位和驻马店市注册会计师协会的财务收支状况；对财税部门开展专项审计调查；负责审计全市地方性银行和非银行金融机构资产、负债、损益状况；对金融部门开展专项审计和审计调查。
　　（五）行政事业审计科
　　负责审计与市财政有拨缴款关系的市人大、政协、法院、检察院机关和政党组织、社会团体的财务收支；负责审计市政府有关部门及其下属单位的财务收支；组织行业审计、专项资金审计和审计调查。
　　（六）经贸审计科
　　负责审计市政府有关部门及其下属单位的财务收支；负责对市国有重点企业和国有控股企业财务收支进行审计监督；指导、监督全市内部审计工作。
　　（七）外资运用审计科
　　审计国际组织和外国政府贷款、援助和赠款项目的财务收支；对世界银行、亚洲开发银行等国际组织提供项目审计公证报告；负责对国有资产占控股地位的中外合资、合作企业的审计；主管市属境外企业的审计；开展专项审计和审计调查。
　　（八）农业与资源环保审计科
　　负责审计市政府农业与资源环保主管部门及其直属单位的财务收支；负责审计由市政府农业与资源环保主管部门管理及县区政府管理的农林水利、资源环保资金的筹集、管理、使用情况；开展专项审计和审计调查。
　　（九）社会保障审计科
　　负责审计市政府各部门，和受市政府委托，由社会团体管理的养老、医疗、工伤、失业等社会保险基金以及各项社会福利、救灾救济、扶贫开发、优抚安置和社会捐赠资金的财务收支；负责审计县区政府管理的社会保障资金的筹集、管理、使用情况；开展专项审计和审计调查。
　　（十）固定资产投资审计科
　　负责对市重点建设项目的预（概）算执行和决算进行审计监督，受省审计厅委托，负责审计国家、省在我市的重点建设项目的预（概）算执行和决算；对市直单位财政拨款的建设项目的预（概）算执行和决算进行审计监督；审计市发展计划委员会、市建设委员会和市投资有限公司的财务收支；组织对国有施工企业、房地产开发企业的审计；开展专项审计和审计调查。